Шафарик Јанко Д-р, синовац знаменитога и, нарочито за Јужне Словене, заслужнога Павла Ј. Шафарика, родио се у варошици Киш-Керешу, у Маџарској, 2 новембра 1812 године.
Основну школу изучио је у месту свога рођења, а гимназију у Новом Саду, где је стриц његов био професор и директор гимназије.
Живећи у Новом Саду, дружећи се са српском децом, и боравећи у кући стричевој чак до 1829, Јанко се је с једне стране са свим осрбио, а с друге је замиловао историју и старине Срба и свих Јужних Словена.
По свршетку гимназије, Јанко оде у Пожун где је слушао философију и права. Одатле се, године 1832, спусти у Пешту, и почне слушати медецину. Из Пеште пређе у Беч, где медецину продужи, и 21 јула 1838 постане доктор у медецини.
Поставши доктор, отишао је у Праг, и бавио се онамо неколико месеца. Тада је већ био почео радити нешто у чешкој књижевности.
Из Прага Шафарик сиђе у Нови Сад, настани се ту, и почне живети од своје лекарске зараде.
Године 1843 прешао је у Србију, и добио катедру физике на ондашњем београдском лицеју.
Мало доцније, у Београду су отворене недељне школе у којима су радили и професори лицејски. Шафарик је у тим школама давао лекције из историје и књижевности народа словенских.
Шафарик је на скоро по свом доласку у Београд постао члан „друштва српске словесности“; за тим члан „одбора просвештенија“, и доцније члан „школске комисије“.
Одбор просвештенија мало је трајао па је укинут; у школској комисији, докле год је она радила, Шафарик је био члан, деловођ, па и председник; а у друштву је остао члан до смрти; неколике године бивао је и председник томе скупу.
Године 1849 умре од колере Исидор Стојановић, професор историје у лицеју. Шафарик тада добије катедру историје, а физику уступи Дру Вуку Маринковићу који је недавно био прешао из Новога Сада у Београд.
Године 1857, по ранијој одлуци српског ученог друштва, Шафарик је ишао у Млетке, те је у онамошњој старој архиви преписао многе акте који се тичу историје Срба и других Јужних Словена.
Ти акти штампани су у Гласницима српског ученог друштва, а изишли су и посебице под именом:
„Српски споменици Млетачкога Архива“.
Осем тога, и многих мање тегобних послова, Шафарик је штампао Троношки Летопис (у Гласнику 5), Живот Стефана Дечанског (у Гласнику 11), и Душанову Хрисовуљу (у Гласнику 15), и др.
Житије Св. Методија првог архијепископа моравског је у Београду 1863.
Године 1859, после смрти Дра Вука Маринковића, Шафарик се опет вратио на катедру физике, али је на њој остао само до године 1861, кад је са свим оставио професорску службу, примивши звање библиотекара и чувара музеја.
Као библиотекар и чувар музеја, Шафарик је остао до у јесен 1869. За то време, он је библиотеку знатно уредио, а музеј је, тако рећи, саздао и разместио како треба.
Године 1869 Шафарик је постао члан државног савета, у ком је звању остао до смрти.
Поред уређења музеја, Шафарик је описао и насликао све до онога доба познате српске старе новце. И слике те штампао је уз Гласнике српског ученог друштва.
Осем српског ученог друштва, за које је већ казано, Шафарик је био члан: археолошког друштва, и друштва руских лекара у Москви; члан југославенске академије, и члан друштва за природне науке, у Москви.
Имао је од рускога цара Александра Другог, орден Св. Ане другог реда, и од пруског краља, потоњег немачког цара Виљема, орден краљевске круне другог реда.
Шафарик је био средњега раста, пун, плав, увек с наочарима на очима; тих у покретима, јасан, и разборит у беседи, мио у друштву, добар у путу, готов да научи и помогне у чем се год позове.
Његова врло лепо погођена слика налази се у српском музеју у Београду.
Преминуо је ноћу између 6 и 7 јула 1876 у Београду, на Врачару, у својој кући, и сахрањен је више Маркове цркве, у Палилули.